Boîtes en plastiques contenant des sachets de tissus végétaux sur silicagel d'Inula pour le projet GENSCOP

Échantillons de tissus (Inula helvetica)

GENSCOP

Genève Alpes Génétique / Génomique Biodiversité / Conservation

La génétique au service de la conservation des espèces menacées de Suisse

La diversité génétique au sein d’une espèce végétale est indispensable pour garantir sa survie dans le temps, notamment dans un contexte environnemental changeant. Cette dimension reste cependant encore largement absente des plans d’action dédiés à la conservation des espèces menacées en Suisse. Le projet GENSCOP (Genetics of Species Conservation Platform) permet de combler ce manque en répondant à des demandes concrètes et en fournissant aux acteurs de la conservation des données génétiques robustes, traduites en mesures opérationnelles visant à préserver ces espèces.

La capacité d’adaptation d’une espèce de plante est directement liée à sa diversité génétique. Plus la diversité d’un groupe d’individus de la même espèce est forte, plus sa capacité à s’adapter à tout type de changement est importante et, par extension, sa survie consolidée. 

Connaître et quantifier la distribution de la diversité génétique, entre et au sein des populations, est donc primordial pour orienter les stratégies de conservation. Le recours à la génétique permet également de rechercher des signes de consanguinité, d’observer le flux génétique entre les populations, de vérifier l’identité taxonomique de groupes d’individus, voire parfois d’identifier l’origine native ou non de certaines populations.

Ces dernières années, les demandes d’études génétiques accompagnant ou précédant les projets de conservation se sont multipliées dans le but d’étayer ou d’orienter les décisions prises par les cantons en matière de conservation des espèces menacées. Cependant, on constate également un écart de collaboration et de compréhension entre les spécialistes de la conservation, qui peinent parfois à interpréter et traduire les données, et les généticiennes et généticiens, souvent peu informés des priorités de conservation sur le terrain.

Lancé par notre institution en 2024 – en partenariat avec les Universités de Fribourg et Zurich et l’Institut fédéral de recherche sur la forêt, la neige et le paysage (WLS) et le soutien de l’Office Fédéral de l’environnement (OFEV) – GENSCOP vise à combler cette lacune.

«GENSCOP répond à une demande concrète et permet de faire le lien entre l’expertise développée dans notre laboratoire de génétique moléculaire, celle des trois autres laboratoires et institutions engagées dans ce projet, et les besoins des acteurs de la conservation en Suisse.»

Yamama Naciri, Conservatrice et professeure titulaire à l’Université de Genève 

Échantillonage de la plante Inula helvetica par un scientifique sur le terrain et mesure de la plante

Échantillonnage d'Inula helvetica

Objectifs et méthodologie

Échantillonage et mesure de la plante Gladiolus palustris sur le terrain dans le cadre du projet GENSCOP

Échantillonage de Gladiolus palustris

GENSCOP fonctionne comme un guichet unique ouvert aux demandes des offices nationaux ou cantonaux et des praticiens de la conservation qui souhaitent bénéficier d’analyses génétiques sur une espèce végétale menacée et pour laquelle des décisions urgentes doivent être apportées. 

Les demandes déposées sont examinées par une commission constituée de spécialistes de la génétique et de la conservation, en se basant sur différents critères donnant la priorité aux projets impliquant plusieurs cantons et portant sur des thèmes variés tels que la diversité génétique des populations, l’hybridation ou la taxonomie. Une évaluation de la faisabilité des projets dans le temps imparti et des différents types de méthodes à utiliser pour répondre aux questions posées est également réalisée.

Pour chaque projet retenu, une méthodologie spécifique est appliquée, incluant l’échantillonnage effectué par les cantons – et le travail d’analyse génétique est ensuite confié à l’un des quatre laboratoires partenaires. Les résultats génétiques sont discutés, interprétés et traduits afin de pouvoir être intégrés par les cantons dans leur travail de conservation.

Durant cette phase pilote initiale de deux ans et demi, GENSCOP a également pour objectif de tester l’efficience d’une telle infrastructure qui doit permettre une meilleure coordination entre les cantons, les scientifiques et les praticiens et praticiennes de la conservation, et ce afin de montrer la nécessité de sa pérennisation.

Résultats

 Échantillons de tissus d'Inula helvetica

Échantillons de tissus d'Inula helvetica

Sur 50 demandes reçues, portant sur 58 espèces différentes et provenant de 11 cantons, nous avons retenu dix projets (neuf projets comme prévu initialement plus un petit projet supplémentaire). 

Ces derniers concernent 13 espèces prioritaires de Suisse et la grande majorité implique plusieurs cantons. 

Les projets, répartis entre les quatre laboratoires, portent sur les questions suivantes:

  • Diversité et de provenance des populations
  • Signes d’érosion génétique
  • Flux de gènes entre les populations
  • Mode de reproduction ou encore d’hybridation. 

Répartition des projets entre les quatre laboratoires

Jardin Botanique de Genève
  • Complexe Inula: I. helvetica, I. salicina, I. spiraeifolia (hybridation, diversité génétique entre et au sein des populations)
  • Complexe Blackstonia: B. acuminata, B. Perfoliata (hybridation, diversité génétique)
  • Gladiolus palustris (origine des populations, diversité et structuration génétiques)
  • Pulmonaria mollis aggr. (clarification de statut taxonomique)
Université de Zurich
  • Hottonia palustris (origine)
  • Leonorus cardiaca (origine, consanguinité, présence d’individus polyploïdes)
Université de Fribourg
  • Nuphar pumila (hybridation, diversité génétique des populations)
  • Bupleurum longifolium (diversité génétique au sein et entre les populations, connections entre les différentes populations)
WSL
  • Eriophorum gracile (diversité génétique des populations, flux de gènes entre les populations, érosion génétique, type de reproduction, distance de la croissance clonale)
  • Scorzonera humilis (diversité génétique des populations, flux de gènes entre les populations).

Les analyses génétiques en cours permettront de compléter l’information nécessaire à l’établissement de plans d’action ou de proposer des conseils spécifiques de conservation applicables par les offices nationaux ou cantonaux.

Fiche du projet

Lancement 
  • 2024
Espèces concernées 
  • Inula helvetica
  • Inula salicina
  • Inula spirealifolia 
  • Blackstonia acuminata
  • Blackstonia perfoliata
  • Gladiolus palustris
  • Pulmonaria mollis aggr.
  • Hottonia palustris
  • Leonorus cardiac
  • Nuphar pumila
  • Bupleurum longifolium
  • Eriophorum gracile
  • Scorzonera humilis 
Pays 
  • Suisse
Partenaires 
Équipe 
  • Camille Christe, Adjointe scientifique
  • Andreas Ensslin, Conservateur et co-responsable du projet
  • Hanna Fromel, Laborantine
  • Elodie Marques-Filipe, Laborantine 
  • Yamama Naciri, Conservatrice, professeure titulaire et co-responsable du projet
  • Charles Pouchon, Adjoint scientifique 
  • Nicola Schoenenberger, Directeur et co-responsable du projet

Pour aller plus loin

La science
Petit tube de centrifugeuse contenant un échantillon de feuilles posé dans une petite coupelle en platique sur une balance chromée
La génétique de la flore genevoise
La science
Extraction d'ADN dans le laboratoire de phylogénie et génétique moléculaire
Le PhyloLab
La science
Couches de cultures au Jardin Botanique de Genève pour la multiplication d'espèces pour la conservation ex situ
Banque de semences et conservation ex situ
La science
Photographie d'un champs ras avec des petits drapeaux rouges éparpillés
Monitoring de la flore et des milieux naturels du canton de Genève